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尿沉渣分析儀的臨床應用主要有五個方面。
1.紅細胞：尿沉渣紅細胞數量可幫助血尿有關疾病的診斷和鑒別診斷，如腎炎、膀胱炎、腎結核、腎結石等；通過動態觀察這類患者尿紅細胞數量的變化，可以確定患者的治療效果和判斷預后。尿沉渣分析儀提供的紅細胞形態相關信息，對鑒別血尿來源具有一定的過篩作用。
2.白細胞與細菌：尿沉渣白細胞數量可協助診斷和鑒別診斷泌尿系統的感染、膀胱炎、結核、腫瘤等疾病；動態觀察患者尿白細胞數量的變化，有助于確定患者的治療效果和預后。泌尿系感染時，患者尿液中除了有白細胞數量上的增高，常同時存在細菌。因此，白細胞、細菌組合檢查對泌尿系感染的診斷有著重要意義。
尿液白細胞可以多種形態存在，當其存活時，白細胞呈現出前向散射光強和前向熒光弱；而當其受損或死亡時，呈現前向散射光弱和前向熒光強。因此，可通過儀器提供的白細胞平均前向散射強度（WBC-MFl）指標，對尿液中白細胞的狀態有所了解。如果WBC>10/μl，且Fsc強而Fl弱，多為急性泌尿系感染：若WBC≥10μl，低Fsc和高FL，則提示慢性泌尿系感染。儀器可定量報告細菌數量，但不能鑒別細菌種類，如果需要進一步明確感染為何種細菌，還需做細菌醫學教育網整理培養和鑒定。
3.上皮細胞：尿沉渣分析儀能給出上皮細胞的定量結果，并標記出是否含有小圓上皮細胞，但是由于儀器所標識的小圓上皮細胞是指細胞大小與白細胞相似或略大、形態較圓的上皮細胞，并不能準確區分腎小管上皮細胞、中層或底層移行上皮細胞，因此，當上皮細胞數量明顯增多時，須用顯微鏡檢查尿沉渣進行準確分類。
4.管形：正常尿液中，可見極少量的透明管形。管形對診斷腎臟實質性病變有重要價值。由于管形的種類較多，且形態特點各不相同，儀器只能區分出透明管形和病理管形。因此，當儀器標明出現病理管形時，須迸一步用顯微鏡檢查尿沉渣進行準確分類。
5.其他：一些特殊的尿沉渣分析儀，還能標記類酵母細胞（YLC）、結晶（X′-TAl。）和精子（SPERM）。結晶的種類較多，其分布區域可能與紅細胞有所重疊，如尿酸鹽，但因結醫學教育網整理晶的中心分布不穩定，儀器可據此將它與紅細胞區分。當儀器提示有酵母細胞、精子細胞和結晶時，均應離心鏡檢。電導率反映尿中粒子的電荷，僅代表總粒子中帶電荷的部分即電解質，與反映尿液中粒子總數量的尿滲量既有關系又有差別。如患者尿液電導率長期偏高，表明尿液中存在大量易形成結石的電解質，應警惕發生結石的可能。